Con la soppressione dell’ordine dei gesuiti nel 1783 la chiesa sopravvisse come prioria fino agli anni Sessanta del Novecento, quando i dissesti geologici che ne avevano destabilizzato le strutture, ne consigliarono la chiusura. Negli anni Ottanta, dopo lunghi e complessi lavori di ristrutturazione Spirito Santo venne riaperto. Turisti e residenti, oltre a riscoprire i pregevoli capolavori degli artisti barocchi, ebbero l’opportunità di ammirare il grande organo Hermans del 1664, collocato sulla parete sinistra dell’edificio.
Guglielmo Hermans, gesuita, nacque nel 1601 a Thorn, vicino a Maastricht, nel Limburgo Olandese. Dopo aver appreso l’arte organaria nelle Fiandre e in Francia, giunse in Italia dove riparò, ingrandì e costruì ex novo molti organi sparsi nelle chiese e nei conventi della Penisola. Hermans riuscì a fondere con tecnica mirabile le sonorità complementari dell’organo nordico con quelle dell’organo classico italiano. Lo strumento conservato nella chiesa dello Spirito Santo è incorniciato da una grande cassa lignea intagliata e decorata a foglie d'oro; la particolarità dello strumento consiste nei suoi timbri straordinari e nella estrema perizia con cui venne costruito, presa a modello dai maestri organari della città nelle epoche successive.
