La Basilica di Santa Margherita sorge ai margini del centro storico di Cortona, in posizione rialzata e a poca distanza dalla Fortezza del Girifalco. La chiesa ha origini trecentesche, ma l’aspetto odierno si deve ai numerosi lavori che hanno interessato la struttura, soprattutto nell’Ottocento.
La basilica è dedicata alla patrona del borgo e sorge dove un tempo si trovava la piccola chiesa camaldolese di San Basilio. Danneggiata nel corso del Duecento, la chiesetta fu restaurata proprio da Santa Margherita, che vi si ritirò in preghiera e vi trascorse gli ultimi anni della vita. Dopo la sua morte, avvenuta nel 1297, accanto a San Basilio fu fatta erigere una nuova chiesa dedicata alla santa, dove fu trasferito il corpo. I lavori di costruzione seguirono il disegno di Giovanni Pisano e si svolsero in pochi anni.
Nei secoli successivi, in particolare tra il Settecento e l’Ottocento, la chiesa subì ampliamenti e modifiche: alla struttura originale vennero aggiunte due navate che le conferirono il tipico impianto basilicale, la facciata venne rifatta e le decorazioni interne abbellite in stile barocco.
Del primo nucleo della chiesa oggi restano tracce nel rosone trecentesco, nel campanile e in alcune volte a crociera. Le poche tracce degli affreschi medievali di scuola senese sono conservate al Museo Diocesano di Cortona, ed è noto che le pitture originali comprendevano un ciclo murale di 21 scene acquerellate, attribuito alla famiglia Lorenzetti.
L’esterno della chiesa presenta oggi tre portoni e il rosone medievale, sormontato da un piccolo colonnato. All’interno le influenze gotiche e romaniche sono accostate dai colori vivaci dello stile barocco, e sulle colonne della navata centrale sono disposte quattro statue in gesso raffiguranti San Francesco, San Ludovico, Santa Elisabetta e Santa Chiara, opera di Giovanni e Amalia Duprè.
Sopra l’altare maggiore, un’urna contenuta in una cornice d’argento cesellato conserva il corpo di Santa Margherita, originariamente posto nel transetto di sinistra: qui è possibile ammirare il monumento funebre scolpito nel Trecento, che richiama nello stile i canoni estetici di Giovanni Pisano, e un crocifisso ligneo che, secondo la tradizione, è lo stesso presso il quale Santa Margherita era solita ritirarsi in preghiera.
