Située à deux minutes de marche seulement de la Piazza Duomo, l'ancienne église San Salvatore est l'un des plus anciens lieux de culte de la ville de Pistoia. Il en est fait état dès le Xe siècle, mais en 1784, l'évêque Scipione de' Ricci décide de supprimer la paroisse, qui sera ensuite fermée au culte en 1807. Après des années d'abandon, le bâtiment a fait l'objet d'une vaste restauration et a rouvert ses portes en 2022 pour être à nouveau visité en tant que lieu d'exposition.
L'exposition, concentrée en un seul grand espace, propose un voyage à travers l'histoire du noyau le plus ancien de la ville grâce à la présentation d'œuvres jusqu'à présent conservées dans les dépôts des Musées Civiques (comme une amphore datant de la période comprise entre le Ier siècle avant J.-C. et le IIe siècle après J.-C.) ainsi que de découvertes plus récentes et inattendues. Des travaux soignés de restauration et des fouilles minutieuses ont, en effet, permis de découvrir les vestiges des premières phases de l'église, avec d'intéressantes caractéristiques romaines et médiévales préexistantes. Une partie de la fosse de fondation des premiers murs d’enceinte de l'époque lombarde (VIIIe siècle après J.-C.) a également été découverte.
Selon une tradition datant du XVIIe siècle, le sénateur romain Catilina, connu pour sa célèbre conspiration et vaincu dans les Apennins de Pistoia, aurait été enterré au pied du tabernacle de l'église, toujours visible à l'extérieur, dans la Via Tomba di Catilina. La restauration du tabernacle a révélé des portions de fresques et des vestiges de bâtiments datant du IIe ou du Ier siècle av. J.-C. Mais parmi les découvertes les plus extraordinaires figure celle d'une fresque incomplète : la déposition du Christ, datant probablement de la fin du XIIIe siècle et attribuée à l’entourage de Lippo di Benivieni, un important peintre documenté à Florence entre 1296 et 1320.
Pour finir des fragments de tissu et d'éponge, des pièces de monnaie, des cendres et un très petit dé en ivoire, très vraisemblablement liés à un rite de reconsécration célébré en 1580, ont été retrouvés, enterrés dans une jarre en terre cuite.
Avec la naissance du musée de San Salvatore, le circuit des « Musées de Pistoia » s’enrichit d'un quatrième lieu, un espace important qui vient s’ajouter au Palazzo Buontalenti, au Palazzo de' Rossi et à l'Antico Palazzo dei Vescovi.
