Pauvreté, humilité, fraternité, les idéaux franciscains se traduisent par un esprit de vie sobre et rigoureux et se reflètent dans le style de l'Église de San Francesco au cœur de Pistoia. Austère et essentielle, elle se dresse solennellement sur la place homonyme également connue sous le nom de Piazza Mazzini, théâtre d'événements historiques importants pour la ville.
La construction de l'église commença en 1289, sur un petit couvent dédié à la Sainte Croix qui existait déjà là où les frères franciscains s'étaient installés au cours de la première moitié du siècle. Accueilli dans le presbytère de San Vitale, comme le veut la tradition, François d'Assise arriva à Pistoia en 1220. L’église est aujourd'hui le siège de la paroisse des pères de la congrégation du Sacré-Cœur de Jésus de Bétharram.
L'édifice présente une façade à pignon couverte de bandes de marbre vert et blanc, interrompue par le portail central et la rosace circulaire. Le plan est en croix latine avec une seule nef et abrite des éléments simples rappelant le style gothique.
L'intérieur présente des fresques décoratives qui dans la chapelle principale représentent les Histoires de saint François - rappelant des scènes de la basilique supérieure d'Assise - réalisées vers le milieu du XIVe siècle et découvertes au début du XXe siècle. Ces fresques d'excellente facture sont l'un des rares exemples d'art figuratif toscan avec des influences d'outre-frontière, vraisemblablement réalisées par le bolognais Dalmasio degli Scannabecchi.
Les autres chapelles renferment également des fresques de belle facture et un splendide orgue à tuyaux réalisé à la fin du XIXe siècle et installé dans l'Église de San Francesco au début des années 2000, enrichissant sobrement le transept.
