L’abbaye, érigée sur la Via Cassia et aujourd’hui intégrée au centre urbain de Montale, est documentée dès 772 comme un monastère lombard avec une fonction prédominante d’hospice pour les voyageurs et les pèlerins. Comme son nom l’indique, elle se dresse près de l’embouchure du torrent des Apennins, l’Agna, dans la plaine.
En 1429, l’abbaye passe de la gestion des moines bénédictins, commencée en 1028, aux chanoines réguliers du Latran jusqu’au XVIe siècle où, fermée au culte, elle est transformée d’abord en cuverie puis en magnanerie. En 1778, elle passa au Grand Prieuré de Cortona, puis aux familles Covoni et Borghese jusqu’à ce qu’elle devienne récemment la propriété de l’église de Pistoie.
Elle a été presque entièrement restaurée dans les années 1920.
De la structure d’origine, on conserve la crypte, datant des Xe et XIe siècles, avec des colonnes et des chapiteaux richement sculptés de grande valeur.