Die ägyptologischen Sammlungen (Collezioni egittologiche) der Universität von Pisa sind vielfältig und umfangreich. Das Museum entstand aus den Sammlungen von Wissenschaftlern und Schenkungen berühmter Persönlichkeiten, die sich durch ihre Forschungsarbeit auf dem Gebiet der Archäologie und der Ethnographie ausgezeichnet haben.
Die Sammlung Schiff Giorgini geht auf Michela Schiff Giorgini zurück. Zwar von Beruf keine Archäologin, war sie von dieser Wissenschaft so fasziniert, dass sie an Ausgrabungsarbeiten im Sudan teilnahm. Später erhielt sie sogar die Ehrendoktorwürde. Von ihren Entdeckungsreisen brachte sie etwa 400 Funde mit nach Pisa, die insbesondere aus dem Tempel von Amenhotep III. und aus einigen Nekropolen stammen, wie Statuen, Werkzeuge, Juwelen und Elfenbeinobjekte.
Die Sammlung Picozzi hingegen geht auf eine im 19. Jahrhundert von Leopold II. veranlasste Expedition nach Ägypten und Nubien zurück. Besonders interessant sind die sogenannten Reliquien „roselliniani": Diese umfassen z.B. einige Blätter, die die Geschichte und die Denkmäler Ägyptens veranschaulichen sollten. Bemerkenswert ist auch die dank der Schenkung von Monica Benvenuti entstandene Sammlung, zu der auch einige antike, herrschaftliche Bronzegegenstände zählen. Von großer Bedeutung ist ebenfalls die Zusammenstellung von Ostraka aus Oxyrhynchos, Fragmente von Tongefäßen mit Darstellungen des Handels zwischen Oxyrhynchos und der Oase Bahariya.
Das kleine, aber umfassende und bedeutende Museum bewahrt auch Stelen aus ptolemäischer Zeit, Bronzen, Gegenstände wie Gläser, Schmuck und Amulette. Nicht minder wichtig ist das Archiv Breccia, das durch die Zusammenführung der Schriften des berühmten Archäologen eine detaillierte Darstellung wichtiger Entdeckungen aus dem Tal des Nils darstellt.
