La fondazione del monastero fu decretata dal Comune di San Gimignano nel 1337, per trasferirvi le monache provenienti dal vicino monastero di San Vittore e San Niccolò. Da quasi sette secoli, le monache benedettine vallombrosane si occupano della cura della struttura. La chiesa, fondata nel 1337, ha subito, soprattutto all'interno, ad unica navata, modifiche in varie epoche e anche all'inizio del Novecento. L'altare maggiore è decorato con  una bella tavola di Vincenzo Tamagni, firmata e datata 1522, raffigurante la Madonna col Bambino, san Giovanni Gualberto, san Giovanni Battista, san Benedetto e san Girolamo. Pregevole è il monumento sepolcrale con il busto di Suor Fidamonte Malenotti, morta nel 1932. Nel XVIII secolo, quando anche la vicina chiesa di San Jacopo al Tempio divenne compresa nei possedimenti del monastero, fu costruito il cavalcavia in muratura che permetteva alle monache di attraversare la strada senza essere viste.

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