I ruderi del monastero di Giugnano sono localizzati in un’area corrispondente alla valle del torrente Bai, in posizione mediana tra i borghi di Roccastrada e Montemassi, sopra un affioramento roccioso di trachite.
In una carta del 1076, è fatta per la prima volta menzione dell'esistenza di un monastero in Giugnano. Ed è proprio in un'area di grande importanza per la famiglia comitale maremmana degli Aldobrandeschi che l'abbazia costituisce un patrimonio fondiario, la cui notevole consistenza è registrata dalla bolla con la quale nel 1140 Innocenzo II confermò a S. Salvatore di Giugnano beni nei territori di Roccastrada, di Grosseto e dell'Ardenghesca, ove si trova un altro importante monastero benedettino, quello di S. Lorenzo, presso Civitella Marittima.
Un diploma dell'imperatore Ottone IV informa che nel 1209 il monastero maremmano è stato posto da Papa Innocenzo III alle dipendenze dell'abbazia cistercense di S. Galgano in Val di Merse; in particolare sede di un'importante attività metallurgica, alimentata dai giacimenti di rame argentifero presenti nella zona, oggetto di grande interesse anche per il comune senese, che con la cessione ad esso dei diritti aldobrandeschi sul castello di Roccastrada, finì col rivendicare per sé ogni diritto minerario nel territorio.
Successivamente al 1257 S. Salvatore passò dai cistercensi agli eremiti agostiniani, che lo possedevano ancora nei primi anni del Trecento. In questo secolo le notizie sull'abbazia iniziano a perdersi del tutto, tanto che negli Statuti di Roccastrada del 1612 nella località di Giugnano è ricordata solo la presenza di un mulino e di una ferriera.
